Keberadaan Sekolah Tinggi Ilmu Syariah (selanjutnya disingkat STIS) Sultan Syarif Abdurrahman Pontianak tidak dapat dipisahkan dari Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Syarif Hidayatullah Jakarta yang kemudian membuka cabang di Kota Pontianak. IAIN Syarif Hidayatullah Cabang Pontianak didirikan oleh Yayasan Sadar yang diketuai oleh Bapak Muis Amin, Walikotamadya Pontianak saat itu. Selain yayasan, dibentuk pula Dewan Kurator yang pada mulanya diketuai oleh Brigjend. Ryacudu Pangdam XII Tanjung Pura. Dikarenakan mutasi beberapa anggota, pada tahun 1975 diadakan resuffle Dewan Kurator dan Brigjend. Kadarusno, Gubernur Kalimantan Barat, terpilih sebagai ketua yang baru. Di dalam Yayasan dan Dewan Kurator inilah ulama, aparatur Pemerintah Daerah dan masyarakat Kalimantan Barat bekerja sama merajut asa, mewujudkan cita-cita agar di daerah ini berdiri sebuah lembaga Pendidikan Tinggi Agama Islam.
Selanjutnya, Yayasan Sadar mendirikan Fakultas Tarbiyah di Pontianak disusul dengan Fakultas Ushuluddin di Singkawang pada bulan Juli1965. Setelah berjalan selama 4 (empat) tahun, Fakultas ini, bersama-sama dengan Fakultas Ushuluddin Singkawang, berubah statusnya menjadi Fakultas Negeri dengan Surat Keputusan Menteri Agama No. 80 Tahun 1969 sebagai Cabang dari IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Berikutnya, pada tahun 1974 Fakultas Ushuluddin Singkawang dirasionalisasikan sehingga tinggallah Fakultas Tarbiyah di Pontianak sebagai satu-satunya lembaga Pendidikan Tinggi Agama Islam Negeri di Kalimantan Barat.
Setelah berjalan selama delapan tahun, status awal sebagai Fakultas Muda Cabang IAIN Jakarta yang hanya dapatmenghasilkan Sarjana Muda kemudian berkembang menjadi Fakultas Madya. Hal ini berarti sejak tahun 1982 lembaga ini sudah memiliki kewenangan untuk menghasilkan S-1 (Strata Satu), Bersamaan dengan perkembangannya sebagai Fakultas Cabang berubah menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta di Pontianak
Keputusan Presiden No. 11 tanggal 21 Maret 1997, bertepatan dengan tanggal 12 Dzulqaidah 1417 H, Fakultas Tarbiyah IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta di Pontianak, bersama-sama dengan 32 Fakultas Jauh IAIN lainnya di seluruh Indonesia, berubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah (STIS) Sultan Syarif Abdurrahman Pontianak.